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Las aguas residuales que llegan a Emarsa, las aguas depuradas y los lodos se someten a análisis diarios y semanales en el laboratorio de la Depuradora de Pinedo. El objetivo es comprobar que las distintas fases del proceso de depuración funcionan de forma correcta y, que los lodos y el agua depurada poseen la calidad suficiente para llegar con garantías a los campos de cultivo como abono y agua de riego, al mar y a la Albufera.

Son las 8.00 horas y comienza la recogida de muestras de agua bruta que llega por los colectores, la que sale del decantador primario y del clarificador (ya depurada), así como los lodos procedentes del Tratamiento Primario (estado líquido), de las Cubas de Aireación, Tratamiento Biológico, y la denominada "Torta" (lodo deshidratado que se envía a los campos de cultivo para ser utilizado como abono).

Pero esta recogida de muestras no es la única que se realiza durante el día. Durante 24 horas y cada hora, agua de las distintas fases se mezcla para obtener lo que se conoce como "muestra integrada", que es la que se analiza para obtener un resultado representativo, pues la carga de contaminación es diferente durante todo el día.

En un litro de "mezcla integrada" se observa durante sesenta minutos como las partículas disueltas y en suspensión que están en el agua van cayendo por gravedad en el fondo de un cono. Esta prueba se hace para ver la cantidad de lodo que se elimina en la Decantación (Tratamiento Primario).

El PH, la conductividad, los sólidos suspendidos, la DBO5, son, entre otros, los parámetros que se estudian en la mezcla del agua. El PH debe ser neutro para que el Tratamiento Biológico no se vea alterado. La Conductividad, mide las sales disueltas en el agua y si esta es o no de procedencia urbana. A mayor porcentaje de sales, más contaminación. Las aguas industriales tienen una elevada carga de sales. La DBO5 o Demanda Biológica de Oxígeno indica el oxígeno necesario para la oxidación de la materia orgánica biodegradable, que la llevan a cabo los microorganismos presentes en la muestra, que consumen el oxígeno al ser seres vivos y se alimentan de la materia orgánica.

También se analiza la DQO o Demanda Química de Oxígeno, que determina el oxígeno necesario para oxidar de forma química la materia orgánica. La oxidación química es más completa que la degradación bacteriana (DBO5). No es capaz de diferenciar entre sustancias biodegradable y orgánicas no biodegradables. De igual forma se controlan los cloruros (cloro) y las materias sedimentales como la arena.

Los fangos de los cuatro Reactores Biológicos y la "Torta" son analizados también cada día. Estas pruebas se centran en medir la velocidad de sedimentación de los lodos, que se consigue en un tiempo aproximado de 30 minutos. En otros análisis se estudia la concentración de fangos dentro del reactor, aspecto importante para mantener un equilibrio entre las aguas residuales y el lodo, así como la cantidad de oxígeno que hay en las cubas de aireación, para que las bacterias se encuentren en un medio óptimo y puedan degradar la materia orgánica de forma adecuada. Además, se observa al microscopio la naturaleza de las bacterias que viven dentro del reactor.

Con el análisis de "la Torta" o residuo seco se puede conocer la cantidad de materia orgánica que queda en el lodo, ya que un exceso es perjudicial para los cultivos que sean abonados con el fango. Los nutrientes (alimento para las plantas) que posee y su carácter volátil, también son observados.

Nitrógeno, fósforo, nitratos y nitritos, son nutrientes y vitaminas contenidas en las aguas depuradas que salen de Emarsa. Es imprescindible conocer las cantidades exactas que quedan en el agua tras el proceso de depuración. Una elevada cantidad de estas sustancias en el agua que se envía a los campos de cultivo para riego, resulta beneficioso para las plantas, pero no para la Albufera y, viceversa. Es muy importante recoger las muestras el mismo día que se va a efectuar el análisis para que los resultados sean válidos.

Las grasas obstaculizan la captación de oxígeno para las bacterias, motivo por el cual es importante eliminar la mayor cantidad que sea posible. En la mayoría de las ocasiones no se pueden reducir en su totalidad. Se analizan las grasas en todas las etapas del proceso de depuración para determinar las que venían disueltas en el agua de entrada que llega por los colectores y las que se han eliminado.

Los digestores juegan un papel fundamental para segurar que los lodos que se van a utilizar como abono de los cultivos estén exentos de agentes patógenos. Por ello, se analizan cada semana para comprobar que la digestión ha sido correcta. También se controlar el gas sulfídrico por ser altamente corrosivo.

La Depuradora recibe vertidos externos que llegan a la planta en cisternas. Para evitar que estos efluentes puedan alterar el proceso de depuración, ya que podrían contener sustancias peligrosas al desconocer su naturaleza, se toman muestras tanto del agua de entrada como de los lodos que pasan por los digestores. En estos análisis se presta especial atención a la carga de metales pesados como plomo, cadmio, zinc, cromo y níquel, entre otros. Los principales parámetros que se miden en este caso son la toxicidad y la DQO (Demanda Química de Oxígeno). Todos los resultados son anotados a diario en unos partes, con los cuales se obtiene la media mensual. Asimismo, se calculan los caudales mensuales tanto de entrada como de salida.